Leur rapport au darwinisme
Pouchet et Pennetier gèrent à eux deux le muséum pendant près d’un siècle et ils le modèlent selon les connaissances et les débats scientifique de l’époque. Pouchet ayant fait une partie de ses études au Muséum national de Paris, il rencontre les plus grands scientifiques de l’époque tels que Cuvier ou encore Geoffroy Saint-Hilaire, fidèle ami de Lamarck. Étant marié à une anglaise, il se lie aussi d’amitié avec des scientifiques britanniques comme Richard Owen, équivalent de Cuvier en Angleterre ou encore John Gould, ami de Darwin. Bien qu’ayant lu L’origine des espèces de Darwin, Pouchet ne sera jamais Darwinien. Le débat l’opposant à Pasteur sur l’origine des micro-organismes entre 1858 et 1869, montre Pouchet défendant leur apparition par génération spontanée contre Pasteur qui démontre l’existence de germes, d’œufs, à l’origine des êtres vivants apparus. La victoire de Pasteur a joué un rôle décisif dans la mise en place des mesures d’hygiène contre le développement des maladies.
Pennetier, reprenant le flambeau de son illustre prédécesseur, défend la mémoire de Pouchet tout au long de sa carrière. C’est un évolutionniste convaincu qui semble adhérer aux théories de Darwin. La muséographie du Muséum telle qu’elle est aujourd’hui est l’œuvre de Pennetier. Aux vitrines illustrant la classification de Pouchet, Pennetier met en scène des spécimens dans des décors, et par ces présentations relativement novatrices il montre aux visiteurs l’influence du milieu sur les espèces et la sélection naturelle.